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Metal Slug č ambientato nel 2028. La vicenda inizia nel primo periodo dell'era del terrorismo contemporaneo. Due fazioni militari si contendono il potere: da una parte un movimento clandestino chiamato la Ribellione e dall'altra l'Esercito Regolare. L'Esercito Regolare č ben equipaggiato e le sue truppe provengono da varie nazioni di tutto il mondo. La Ribellione, invece, č organizzata in piccole cellule sparse formate da militari addestrati e terroristi il cui unico scopo č raggiungere il potere.
L'Esercito Regolare č considerato una forza militare davvero formidabile. Tuttavia, la sua efficienza č carente a causa della corruzione molto diffusa all'interno del comando generale. Gli alti ufficiali spesso rifiutano i rapporti e i consigli provenienti dagli agenti del servizio segreto. Questo spesso conduce a degli insuccessi dell'servizio segreto che portano drammatiche conseguenze.
Il Vice Ammiraglio Donald Morden dell'Esercito Regolare, Corpo dei Marines, č uno dei protagonisti principali della storia. Ha la reputazione di ufficiale duro, efficiente e altruista e gode di alto rispetto tra le sue truppe. Si comporta anche come padre affettuoso con suo figlio . Tuttavia, Morden diserta immediatamente e si unisce alla Ribellione quando suo figlio viene ucciso in un bombardamento fallito a Central Park. Si autopromuove Generale
Nel 2026, un anno dopo il tentativo fallito di assassinare il Presidente degli Stati Uniti compiuto dai Ribelli al comando del Generale Morden, la Ribellione lancia un attacco massiccio contro le truppe dell'Es
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ercito Regolare in tutto il mondo. Nonostante gli agenti dei servizi segreti diano molte indicazioni utili per sventare l'attacco, gli ufficiali ignorano nuovamente gli avvertimenti. Con le truppe dell'Esercito prese di sorpresa, la Ribellione riesce quasi a raggiungere il suo obiettivo, grazie a una forza soverchiante e a una tecnologia di nuova generazione.
L'Esercito regolare stende un piano per contrattaccare e crea un carro armato molto avanzato, chiamato "Super Vehicle-001", per aiutare le truppe dell'Esercito Regolare. Dopo la fase di progettazione, i carri armati vengono prodotti in massa e messi da parte fino al raggiungimento di una forza abbastanza elevata da poter effettuare un contrattacco. Tuttavia, i carri vengono rubati dai Ribelli nel 2028 a causa di un altro fallimento dei servizi segreti.
Osservando il panico e la caduta in rovina dell'Esercito, il primo tenente dell'unitą speciale dei "Falchi Pellegrini" Marco Rossi raggruppa i rimasugli delle forze regolari e sferra un disperato attacco teso a recuperare i carri armati speciali. Insieme a lui combatte il secondo tenente Tarma Roving della sua stessa unitą.
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Dopo varie campagne, l'Esercito Regolare finalmente riesce a battere le truppe della Ribellione e riguadagna il controllo. Il Generale Morden, che viene catturato vicino alla fine del conflitto, viene portato in una prigione militare di massima sicurezza in attesa del processo per i suoi crimini di guerra.
I soldati della squadra dei Falchi Pellegrini vengono acclamati come eroi dagli ufficiali dell'Esercito Regolare e i tenenti Marco e Tarma vengono insigniti di molte medaglie. Tuttavia, non tutti vengono trattati come la squadra dei F.P., in quanto gli ufficiali vengono screditati a causa della loro poca abilitą nel prevedere un conflitto che poteva essere facilmente evitato.
